西门长海（赵本山 饰）大难未死，康复后重返定远盟，继续肩负起保卫疆土、抗击倭寇的重任。其兄西门长在（赵本山 饰）在鹊刀门亦已渐入掌门角色，偶尔还会沉浸于大侠的幻想之中，乐在其中。 倭寇势力并未因挫败而收敛，他们轮番登场，企图从西门长海口中探得与之抗衡的其他势力的情报。 意图起兵造反的锦芦王，偶遇了伪装成算命先生的高大毛，误将其视为超凡脱俗的高人，诚邀其出山，委以天师之职。 王公公自京城查抄曹家，无意中发现曹公公的侄子曹东东（杨树林 饰），曹东东为换取自己的一线生机，用宝藏之名骗取王公公的信任，因此得以活命。 就这样各方势力集聚辽东，鹊刀门将被卷入新一轮的血雨腥风。长海与长在两兄弟携手众弟子，并肩作战抵御外敌，最终合力歼灭了倭寇及锦芦王等敌对势力，为辽东带来了久违的和平与安宁。
人心，是一门深奥的科学。人会犯罪作恶，皆因被贪婪、愤怒、软弱和嫉妒等情绪支配。为了逃避刑责，人会利用谎言掩饰真相，用诡计扰乱视线，令法证工作难上加难。未破的悬案、消失的证据、迷失的困局，都是法证团队面对的一个个难关。纵然过程中会受到打击，但他们都会坚持初心，跌倒之后重新出发，不会放弃追寻真相。 《法证先锋V》的案件和布局更加让人意想不到，唯有靠着“法证部”、“法医科”及“重案组”这灭罪铁三角，秉承前四季的理念，通力合作，找出真凶，还生者公道，替死者雪冤。
该剧根据墨书白小说《长公主》改编。故事中，大夏朝的长公主李蓉（赵今麦 饰）与当朝首辅裴文宣（张凌赫 饰）梦回华年，由仇人变闺蜜，闺蜜变成有情人。他们彼此信赖，彼此成全，终于破镜重圆，一起搞事业，一起发现真相，一起发现爱。
