未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗 饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级战士正是阻挡恶魔党的不二人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李 饰）、大月纯（刚力彩芽 饰）、大月甚平（滨田龙臣 饰）和中西龙（铃木良平 饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人难以想象的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队战士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚 饰）加入进来，他们奉命去保护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童 饰），以期获取Last Suicide计划的详情。 面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心悄悄发生着变化……
奸商杜济仁（刘克宣饰）诬陷范田笙（吴楚帆饰）卖假药，害范坐了十年冤狱。 范逃狱时在农村孤儿子王复群（李小龙、张活游分饰）的帮助下，侥幸得以逃离追捕。 后来范得知王就是自己的儿子，便到省城打工并以轶名供王出城学医。王蒙在鼓里，一直误以为杜是赠款人，出于感恩之心，王毕业后就去帮杜造药。杜一直怀疑王就是范的儿子，遂故技重施，以多年前诬陷范的方法复施于王身，以迫范现身……
在浮世英寿成为守望世界的神明后过了一段时间，撕裂和平日常生活的一发枪弹与展露身影的变异种邪魔徒 这时候还没有人知道，这个邪魔徒的登场，是毁灭人类的元凶破坏神“God邪魔徒”诞生的前兆 然后在此出现的，是白发的英寿。他变身成绽放金色光辉的Geats，然后攻击Tycoon和Na-go等人。在一行人正困惑时，另一个英寿的身影出现了…… 另一边，贝萝芭出现在吾妻道长的面前。因贝萝芭之手而让他体内沉睡的邪魔徒之力觉醒，所出现的充满不详气息的Buffa究竟是……？ 「两个英寿」的存在所昭示的惊人事实是什么？ 在破坏神的诞生分秒必争的当下，假面骑士们能否守护得住这个世界，守护得住人类呢？！
