影片的故事背景设定在虫兽与人类20年持久战之后的一次偷袭。面对这一前所未有的灾难，人类战警挺身而出，与异形虫兽展开了一场生死搏斗，誓死守护人类家园。
故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
影片以1960年代初的纽约音乐界为背景，讲述19岁的鲍勃·迪伦，从一名不见经传的民谣歌手迅速声名鹊起，他的歌曲和神秘感在全世界引起轰动。1965年的纽波特民谣节上，他首次在舞台上使用了电吉他，他的音乐从民谣转向摇滚乐。
影片剧情接续TV动画，卡塔莉娜多次成功避开毁灭性结局后，从魔法学园顺利毕业，过上安稳平静的生活。某日，卡塔莉娜偶遇一支外国商队，并由此结识了一位寡言冷漠的异国少年亚齐尔，虽初次见面，却让卡塔莉娜感到似曾相识，也随之陷入未知的危机之中。
