神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
新游轮“白鲸号”豪富云集，正举行除夕联欢会，热闹非凡。女侍应Chrisy于客人中穿梭往来，船上保安由不苟言笑的红狼负责。突然一艘快艇靠近游轮，匪徒迅速登船与早在船上乔装的汤臣里应外合。凭借先进的武器和狠毒的令人心寒的手段，匪徒们很快就取得了全船的控制权，其目的是要夺取船上偷运的生产核弹的坏元素……
