故事发生在繁华的大都市东京，十四岁的少女阿绿（中村里砂 饰）失去了唯一的亲人，孤苦无依的她在误打误撞之中走进了名为“赤猫座”的巡回马戏团中，就此拉开了悲惨人生的序幕。无处可去的阿绿在马戏团中受尽了众人的凌辱和折磨，沦为奴隶和佣人，日子过得苦不堪言，每一天都是地狱般的写照 。 就在阿绿快要绝望之时，侏儒魔术师出现在了马戏团中，出现在了她的眼前。侏儒魔术师的出现让快要倒闭的马戏团重现生机，他亦成为了马戏团中最重要的成员。与此同时，阿绿在魔术师的身上找到了久违的温暖和感情，两人决定结婚，双双逃离这充满了痛苦的魔窟。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
