神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
“你是否拥有成为勇者的资格”——自称“宇宙贤者”的神秘男子“萨斯卡尔”对主角优马说的这句话，就是这场战斗的开始。他对优马施加了超乎想象的终极考验。“如果你失败了，将会失去亚刻的力量……” 以怪兽防灾科学调查所“SKIP”成员的身份守护星元市的和平、聚集在“SKIP”的同伴们建立起来的信赖纽带、打败怪兽的意义……这些纠缠在一起，而正是因为获得了能够变身为奥特曼的光，现在又被萨斯卡尔玩弄于股掌之间，优马只能独自承受接二连三来到的沉重使命! 狂暴的大怪兽们、邪恶的外星人，在连时空都被扭曲的超次元中，黑色的亚刻奥特曼——“基尔亚刻”出现了。 优马——亚刻奥特曼究竟能否战胜超越“想像力”的终极考验，守护未来呢? !
