丹麦王子哈姆雷特（肯尼思·布拉纳 Kenneth Branagh 饰）被传召回家参加父亲的葬礼以及自己母亲和叔父克劳迪斯的婚礼。父亲的突然离世，加上母亲的改嫁，使哈姆雷特终日郁郁寡欢。一次哈姆雷特在半夜里来到城堡高台上，与父亲的鬼魂相会，得知父王被叔父克劳迪斯毒死。鬼魂要求哈姆雷特向那个篡夺王位、霸占王妃的凶手复仇。背负了复仇任务的哈姆雷特决定用假装发疯的办法来掩饰自己，以窥探克劳迪斯的一举一动。随后他安排了一场宫廷戏，将国王被害一幕以戏剧形式表演出来。叔父看后原形毕露，而哈姆雷特却误杀了恋人（凯特·温丝莱特 Kate Winslet 饰）的父亲，导致恋人发疯死去。随后哈姆雷特的母亲也饮毒酒死亡，最终哈姆雷特愤怒杀死叔父。
卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……
