军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险，而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队，密谋夺取能量源，企图在地球掀起又一场腥风血雨。 此时主人公萨姆（希安·拉博夫 Shia LaBeouf 饰）告别相恋的女友米凯拉（梅根·福克斯 Megan Fox 饰），要开始自己梦寐以求的大学生活了，但一切似乎都不那么顺利，一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息，霸天虎开始了对萨姆的追击，擎天柱为了保护萨姆而牺牲，萨姆受其感召，决定重新担负起自己的使命。 萨姆在自己室友里奥（雷蒙·罗德里格斯 Ramon Rodriguez 饰）和“机器战士”西蒙斯（约翰·托尔托罗 John Turturro 饰）的帮助下，与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及，他们在金字塔里发现了能量源。而此时，霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及，善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗。
故事讲述野鸟一次又一次被捕鸟人抓住、贩卖、放生，在有限的自由里挣扎求存。女人在男人主导的社会中求生，不由自主的命运同样可怜。自小跟着阿嬷在山林长大，常常看鸟儿飞翔、被抓、被放生、死亡，直至一天母亲接他到城市的公寓同住。在局促不安的城市中与母亲相依为命，但母亲也不过是一只渴求爱却受尽伤害的野鸟。为了生活，她当上伺候男人的「酒店妹」；为了爱情，她承受暴力遍体鳞伤。山林的氤氲困住飞鸟，城市的哀号囚禁灵魂。自由只是假象，世界终究是个更大的囚笼，母子也不过求片刻安身。
