故事发生在唐朝，天授年间，国泰民安却也暗潮涌动，坊间多有诡事发生。年轻的狄仁杰在追查多人失踪案时无意中撞见活人变干尸的怪事。官府刻意隐瞒，皆因此事涉及武后和长孙无忌宫廷内斗，狄仁杰一意孤行誓要和发小，女保镖鱼兰青把真相揭露到底，却遭遇神秘刺客袭击，从而结识了身背两条人命债的嫌犯欧阳华，千丝万缕中他渐渐发现真相的背后还有真相，而欧阳华正是干尸一案的关键所在。与此同时，两派势力的爪牙也正斗得如火如荼，狄仁杰等人被卷入了漩涡中心，真相呼之欲出，但狄仁杰也危在旦夕……
昭和34年（1959），东京武藏野玄伯寺川的河边发现一具女性尸体。死者名叫生田世津子（木村文乃 饰），是专飞国际航线的空中小姐。经过尸检证实，世津子系被人用手臂蛮力扼杀。警视厅迅速成立专案组，而搜查一课即将退休的刑警藤泽六郎（北野武 饰）自告奋勇加入进来。藤泽似乎是一个不守规矩一意孤行的麻烦人物，因此组织派新人刑警市村由孝（瑛太 饰）与之组队，以牵制藤泽的行动。但是市村完全无法左右这位老前辈的行动，很快二人便查明案发当晚曾有一辆隶属于外籍人士的蓝色雷诺在现场出现，继而顺藤摸瓜查到了巴西古里尔莫教会。因牵涉到外国人，使专案组的调查承受巨大压力。而发誓为死者讨还清白的藤泽，却仍朝着黑暗的彼方奔去…… 本片由著名推理作家松本清张根据真实事件创作的小说改编。
影片剧情接续TV动画，卡塔莉娜多次成功避开毁灭性结局后，从魔法学园顺利毕业，过上安稳平静的生活。某日，卡塔莉娜偶遇一支外国商队，并由此结识了一位寡言冷漠的异国少年亚齐尔，虽初次见面，却让卡塔莉娜感到似曾相识，也随之陷入未知的危机之中。
