一位陷入哀痛的女子，前往偏远的森林深处，希望在那找到慰藉。却遇到了一位陌生人向她注射了一种麻痹剂。随着麻痹剂逐渐侵蚀她的身体，她必须在全身神经系统完全瘫痪前逃跑、躲藏并为生存而战。
一系列看上去似乎毫无关联的犯罪事件从西藏延伸至印度再到德国。夏洛克·福尔摩斯已经离开两年了，但一些人不太确信他已经死了……
故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
