四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

　　经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。
　　同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他们只关心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特姆流亡者们转移逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了。
　　侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在朋友帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲:斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史，但是就在这时，施莱德再度出现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……

　　本片为美国时代华纳公司旗下的Cartoon Network推出的动画长篇，1998年播映了完整的动画片。位于美国的小镇村里来了一位神秘的尤教授，秉着一颗让世界更美好的心，尤教授通过科学实验，制造出了三个拥有超自然力量的完美女孩——泡泡、毛毛、花花，泡泡比较天真和乐天开朗，毛毛比较暴躁和爱美，花花则是领袖及代言人，她们三人组成了惩奸除恶的“飞天小女警”组合。在小镇村内设有专线供村民呼叫飞天小女警来寻求帮助，飞天小女警的主要任务就是与魔猴啾啾（Mojo jojo）、毛茸怪兽（Fuzzy Lumpkins）、阿米巴帮（the Amoeba boys）、“他”（Him），以及蟑螂教练等一班坏蛋们斗智斗力。

　　暗河，江湖最神秘的杀手组织，由苏、谢、慕三姓家族组成，三家最高统率称大家长。大家长身中奇毒，生命危在旦夕。暗河三家势力得知消息后，趁机发起叛乱。苏暮雨作为大家长护卫团蛛影的首领傀，一边找来药王谷神医白鹤淮为大家长医治，一边击退各家杀手护大家长周全。此时，他在暗河的好友苏昌河，却代表苏家加入了刺杀大家长的行动。

　　幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。
　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。
　　来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

　　在平稳而乏味的乡村生活的少年·近卫刀太， 有着前往都市一展宏图的梦想。 为此，他每天都向养育了自己的亲人， 同时也是优秀的魔法使·雪姬发起挑战。 但，一边战斗一边和睦度日的两人面前出现的赏金猎人， 宣告了平稳乡村生活的终结。 这是，成为不正经者的人们的物语。

　　一颗陨石从天而降，汪汪队基地惨遭破坏，因祸得福的是，汪汪队通过陨石获得了超能力！变成超能狗狗！能随心飞的天天、有飞毛腿的阿奇、是万人迷的灰灰、会霹雳火的毛毛、成大力士的小砾、不怕风浪的路马……莱德队长还给汪汪队升级了全新的装备，并招募汪汪预备队的三只小狗，共同保护冒险湾！但与此同时，一位邪恶的科学家也盯上了陨石中的超能力，她联合了汪汪队的死对头海丁那市长，试图夺取汪汪队的超能力，并让更多的陨石撞上地球！汪汪队集体出动，勇敢狗狗，不怕困难！汪汪队能否再次拯救世界？

　　田小班是一位十岁大的男孩，他的生活因为一个撞上地球的陨石而永远改变。从天而降的陨石带来了 Omnitrix，让他拥有变身成十种以上外星英雄的能力，而每一个英雄都有独特的神奇力量。自此，阿奔成为一个超级英雄。在爷爷马克与堂妹小玟的帮助下，阿奔肩负起保卫世界的任务。