潜伏的怪物威胁、异世界的怪物，砂糖人。 人们并不知道，它们已经秘密进入了人间界。 人们也不知道，它们正袭击和绑架人类。 为了保护人类，一位青年挺身而出！ 那是一位非常喜欢吃东西的青年——生真。 通过吃下糖果，生真能创造出成为其眷属的存在「饱藏」，并获得变身为假面骑士的力量。 现在，生真为了保护人们的幸福而与砂糖人战斗的故事开始了！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
