阳光明媚的一天，灰太狼和他老婆红太狼又一次向羊村发起攻击。不过这次灰太狼祭出了他的制胜法宝——可以把小羊瞬间烤熟的阴离子光球。一时间羊村大乱，灰太狼无往不利。关键时刻，喜羊羊拿来了村长的阳离子光球。结果两个光球发生激烈碰撞，导致时空严重扭曲，羊羊和灰太狼全部被卷入时空漩涡之中。当他们再次睁开眼，发现自己正置身一个鲜花盛开、和风送暖的美丽世界。羊羊们从蜜蜂皇后的口中得知，这里名叫古古怪界，一百年前曾有一个恶魔在此作乱，最终被蜜蜂的祖先封印在巨蛋之中。不凑巧的是，灰太狼夫妇无意中解开巨蛋的封印，恶魔黑大帅获得自由，并发誓毁灭光明道具，统治古古怪界。 为了阻止他的阴谋，羊羊们在自称先知的潇洒哥的帮助下，与黑大帅展开惊险刺激的对抗……
一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
