曾经有这四位凶神与八百万神灵的国家[实际是中国]，被封印在四方的山中的四凶神中的两神逃走后，八百万神灵也离开奔向世界各处。自此这个国度就被伟人们守护着。这个没有了神话的国度为了找回奔向各地的八百万神灵设立了一种职业——歌士官。主人公，一叶，正是这其中的一员。
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
