蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。为了保护家园，人类不断发展科技与新型修炼体系，成立作战联盟，大力培养战斗型人才。少年凌天是初级学府琼海战校年轻一辈中的佼佼者，他拥有罕见的古神血脉，身怀神秘至宝“神脑”。一天，凌天从来自未来的助手炎灵口中，得知了三年后，大陆将面临一场重大劫难，自己也会在这场劫难中壮烈牺牲。自此之后，凌天为了人类的未来，听从炎灵的建议，决心在三年内修炼至巅峰境界，改变一切。
故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
