工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
＂超新星＂是为了对抗宇宙生命实验集团＂灭司＂，而由五位闪光星人抚养长大的地球人所组成。而这5人也是生命实验的幸存者。＂超新星＂的是首次出现第2机械人的战队。
以拯救蓝星为目的被制造出来“最强胚胎”品翔，被寄以厚望，将在被设定好的时间设定好的地点设定好的足球比赛中，一脚拯救世界！可他点错天赋，熟练的掌握了各种无关紧要的技能，除了足球......
贫苦的侦探镝矢惣助，遇到了操纵魔法的异世界皇女莎拉。惣助开始了与莎拉的同居生活，莎拉很快就习惯了现代日本。另一方面，在莎拉之后被转移的女骑士莉薇亚，在流浪的同时，过着令人惊喜的生活。向前稳定生活的两个异世界人，不仅影响了惣助，也影响了鬼畜律师、分手公司工作员、宗教人士与住在这区的怪人们……
江湖路远，风云再起，挚友并肩，共赴天涯！
