工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
嘉味田正一（田丸笃志 配音）是一个极为平凡的高中二年级男生，有着一本正经的外表，却常常会陷入脑洞大开的幻想之中。在填完志愿调查表后，正一忽然察觉到自己已经站在了人生的分叉路口前，对未来产生了无限的希冀和稍许的不安。 乐观开朗的班级偶像常木耀（佐仓绫音 配音）、正一的青梅竹马桃乃今日子（木村珠莉 配音）、态度强硬内心却十分温柔的桧山水羽（井泽诗织 配音）、柔弱内向缺乏自信的上崎真诗（三上枝织 配音）、身手矫健的足球健将宫前透（下地紫野 配音），在青春的最后时光里，正一会和这些性格迥异的女孩子们发生怎样的故事呢？
