涅槃重生，武逆乾坤。
城北大学学生·筑波洋在练习滑翔机的时侯帮助了被不明组织追赶的改造工学者·志度博士。博士曾是与企图征服世界的组织·新修卡的合作者，但由于组织的残忍做法而令博士的良心受到谴责，从而选择逃离新修卡。洋为了匿藏博士而被新修卡的怪人打至垂死。博士为了救活洋而回到了新修卡，并把洋改造为改造人。 复活后的洋与博士一起逃离了新修卡。而为了保护人类，洋变身了，博士将变身后的洋称作“假面骑士”。
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
