整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼
2048年，超级反派凌辰（化名潘洛斯）在和死对头超级英雄叶子暮的激战中意外穿越回2030年的高二。在回家见到姨母确定了自己穿越的事实后，凌辰决定，这次一定要守护好上一世因叶子暮害死的姨母，除掉叶子暮。”重生“的时间线充满变数，这次，凌辰相信自己可以改变一切！
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
