工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
这一年是2052年，一个前所未有的和平与繁荣的时代遍布全球。原因是:人类已经从疾病和痛苦中解脱出来了。诺贝尔奖得主神经科学家斯金纳博士发明了一种神奇的万灵药，没有明显的缺陷，叫做Hapuna。 哈普纳很快变得无处不在……而且必不可少。然而，在Hapuna正式推出后不久，斯金纳博士就消失了。 三年后，世界又向前发展了。但斯金纳博士回来了——这一次，他是末日的先兆。斯金纳宣布哈普纳的半衰期很短。所有服用该药的人大约三年后都会死去。死亡即将降临这个罪恶的世界，而且很快就会降临。 为了应对这一威胁，一个由5名特工组成的特别任务小组从世界各地聚集起来，从斯金纳的计划中拯救人类。这群人被称为“拉撒路”。他们能在时间耗尽之前找到斯金纳博士并研制出疫苗吗?
