缝在大脑上的线，俗称“记忆缝线”。 1992年爆发了病毒性脑炎疫情，全靠这项医疗技术才得以平息，而到现在，它已经进化为了日常生活不可或缺的侵入式大脑信息终端。 所见，所闻，乃至感情——在这个一切都会被记录下来的世界里，对重大犯罪案件进行调查时，需要特殊警探“电索官”来潜入记录的集合体“机忆”之中。 天才少女埃缇卡·稗田，保持着成为电索官时的最年轻记录。但她也因为这样的天赋而走到孤立。正在此时，新的搭档，金发碧眼的人型机器人“人类之友”哈罗德，出现在她面前… 在最强的二人面前，一切秘密都将无所遁形！
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
