东西双方处于针锋相对的奇妙情势。KGB内部有些人为了自己的私利，搞出了一系列的阴谋，首先是科斯柯夫假向西方"投诚"，并道出KGB准备进行一项名为"特务飞龙"的计划，目的是消灭00组的特工，007怀疑其动机，伪装刺杀，并查出科斯柯夫与军火贩子一起用购买军火的货款走私毒品，007得到反政府武装的支持，终于炸毁了毒品，科斯柯夫的计划彻底破产。
故事发生在近未来，因为未知神秘生物的出现，导致整个城市面临前所未有的危机。一桩被隐藏多年的秘密计划浮出水面。少年马山（王俊凯 饰）被带入749局，进入层层迷宫，开启一程冒险之旅，并在这一旅程中完成了一次自我的成长与救赎。
没有事件可解，便无法称之侦探──号称「福尔摩斯」的大学生侦探明智恭介（中村伦也 饰），不顾助手叶村让（神木隆之介 饰）劝阻，缠上电影研究社社长，因为社内怪事连连：社员自杀、短片出现恐怖人脸、即将举办的合宿收到恐吓字条，令许多社员心生退意。然而，别人的麻烦正是侦探的乐趣，明智死缠烂 打想参加合宿却无法说服社长。苦恼时，神祕的美少女侦探剑崎比留子（滨边美波 饰）现身解围，以「不问她目的」和「她一同参加」为条件，让明智与叶村混进其中。
