工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
这一年是2052年，一个前所未有的和平与繁荣的时代遍布全球。原因是:人类已经从疾病和痛苦中解脱出来了。诺贝尔奖得主神经科学家斯金纳博士发明了一种神奇的万灵药，没有明显的缺陷，叫做Hapuna。 哈普纳很快变得无处不在……而且必不可少。然而，在Hapuna正式推出后不久，斯金纳博士就消失了。 三年后，世界又向前发展了。但斯金纳博士回来了——这一次，他是末日的先兆。斯金纳宣布哈普纳的半衰期很短。所有服用该药的人大约三年后都会死去。死亡即将降临这个罪恶的世界，而且很快就会降临。 为了应对这一威胁，一个由5名特工组成的特别任务小组从世界各地聚集起来，从斯金纳的计划中拯救人类。这群人被称为“拉撒路”。他们能在时间耗尽之前找到斯金纳博士并研制出疫苗吗?
#到了联谊会上发现连一个女生都没有# 动画化决定
“为什么谁都不记得真正的世界呢……！” 本是争夺地上霸权的五种族大战以英雄希德率领的人类胜利告终的时代；但是这个世界，在少年凯眼前突然被「改写」了。在被改写的世界里，凯所看到的是，由于英雄希德不存在，人类在五种族大战中败北的情景——在这里，龙和恶魔统治着地面，并且凯成为了被所有人遗忘的存在。但是凯遇到神秘的少女铃娜后，决心打破这被改写的命运。 在没有英雄的世界里，继承英雄的剑和武艺，挑战君临的强大敌种族。被世界遗忘的少年「取回真正的世界」空想超大作，开幕！
