真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
回过神来，我只身一人站在地平线的中央。 环顾身边，没有任何的建筑物和人影。 束手无策地踱步之时，突然矗立在身后的「黄昏旅店」… 那是，存在于生与死之间的旅店。 为什么无法动弹？ 为什么……是我？ ――这是赌上性命的第二次比赛。
2022年，一场未来战争在少数人类幸存者和无穷无尽的机器大军之间激烈进行了数十年。1997年，被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，并向人类开战。 一名被送往过去改变人类命运的士兵被夹在未来和过去之间。她来到1997年，任务是保护一位名叫马尔科姆·李的科学家。这位科学家致力于推出一种新的人工智能系统，以对抗“天网”即将对人类发出的攻击。马尔科姆一面应对其发明所涉及的复杂的道德问题，一面遭到来自未来的无情杀手的追杀，而这永远改变了他三个孩子的命运。
