不久的将来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。 可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。.
故事发生在繁华的大都市东京，十四岁的少女阿绿（中村里砂 饰）失去了唯一的亲人，孤苦无依的她在误打误撞之中走进了名为“赤猫座”的巡回马戏团中，就此拉开了悲惨人生的序幕。无处可去的阿绿在马戏团中受尽了众人的凌辱和折磨，沦为奴隶和佣人，日子过得苦不堪言，每一天都是地狱般的写照 。 就在阿绿快要绝望之时，侏儒魔术师出现在了马戏团中，出现在了她的眼前。侏儒魔术师的出现让快要倒闭的马戏团重现生机，他亦成为了马戏团中最重要的成员。与此同时，阿绿在魔术师的身上找到了久违的温暖和感情，两人决定结婚，双双逃离这充满了痛苦的魔窟。
