突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
踏入21世纪，运动与科技关系十分紧密，体育用品需要科技配合，在设计足球及足球鞋的时候，更需要精密的数据及计算器测试，才可做出一些能发挥人类极限的体育用品。如果以人类去测试，状态及技术必定有所偏差和不稳定，所以找来GGO博士协助产品研发，GGO机械足球员亦因此诞生。 科技发展一日千里，足球竞赛进入了前所未有的AI年代──只得手掌般大小，却拥有尖端AI智能的足球机械人GGO诞生了！全球球迷趋之若鹜！纷纷成立自已的GGO足球队，誓显自己的领军才能！ 13岁的故事主人翁高迅，意外得到由GGO专家父亲发明，世上独一无二的第七代GGO潜龙，于是联同一众战友组成“赤足队”，参与世界GGO大赛，与各地列强展开场场激烈的GGO足球大战！与此同时，他其实暗地背负着父亲的寄望，带领潜龙进入总决赛，藉此破解一个鲜为人知的大阴谋。 第二部承接第一部的剧情，讲述了主角高迅等人在世界大赛的进程。在世界大赛中，他们将要面对一个惊天的阴谋，而高迅，也会带着潜龙，为自己的使命而战！
