真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
因经历过核冬天，在这里人类不再是世界的主宰，物种变异、生存资源稀缺，面对无法预测的未来和环境，危机迭出。人类为了保护自己建造了一座座壁垒，但也有很多人没有进入壁垒生活，在荒野打猎为生。主人公任小粟和弟弟颜六元就是其中之一。并无血缘关系但却相依为命的兄弟二人凭借着他们顽强的意志力不断成长，并在偶然的机会下觉醒了超能力。任小粟为生计和保护家人，离开自己生活的集镇前往境山，一路遭遇狼群、人面虫、变异生物的袭击，觉醒超能力，任小粟能否在危机中逃生...
