全剧从银河帝国的视角出发，Nightsister Morgan Elsbeth和前绝地武士Barriss Offee扮演关键角色，剧中也将探讨Elsbeth的崛起，Thrawn、Grievous将军也将现身；Offee则在通往审判所的道路，见到了Grand Inquisitor Darth Vader本人。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
粉丝们熟悉的Kevin Conroy和 Tim Daly 又回来了！他们在最新电影《超人与蝙蝠侠：启示录》里继续为蝙蝠侠和超人配音。大反派达克赛德由Andre Braugher配音，女超人则是《终结者：莎拉康纳编年史》里的女终结者Summer Glau。 根据编剧Jepn Loeb和已故漫画家Michael Turner原作《超人与蝙蝠侠》第8期——第13期的故事"来自氪利普敦的超级女孩"改编。剧情承接上一部《超人与蝙蝠侠:公众之敌》，虽然陨石已经被撞毁，地球却布满了氪石的碎片。蝙蝠侠在海底清除氪石碎片的时候发现了一艘宇宙飞船，各种迹象表明它是和流星雨同时到来的。随后在哥谭城出现了一位来自氪星的少女，超人很快得知她是自己的堂姐Kara Zor-El。尽管蝙蝠侠对Kara的身份存在疑虑，超人还是决定要保护她并帮助她适应地球的生活。然而Kara在天堂岛接...
