遥远的上古时代，人类文明之外有四块神秘的大陆。在这里，人和爆兽龙蛋和平相处，直到有一天，冰雪部落企图利用龙蛋的力量支配世界，引来另外三个部落齐心对抗，结局四块大陆受到重创，陷入了沉睡当中。转瞬千年已逝。张天昊是龙卷部落的后人，机缘巧合之下，他邂逅了上古时期遗留下的爆兽龙蛋，并结识了其它部落的后裔。他们志同道合，结伴阻止冰雪部落的传承者——穆非的阴谋 。华丽又刺激的冒险之旅，就此展开。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
