《灵剑尊》是由索以文化制作的3D动画。根据同名小说《灵剑尊》和漫画《灵剑尊》改编。该动画讲述了落魄少年楚行云立志要改变现状奋发图强创造一片新天地的故事 大梦一场，落魄少年立志要改变现状奋发图强创造一片新天地。珍奇异宝，功法武决，遗失的强者洞府，在这个天才辈出，充满挑战和机缘的时代，且看落魄少主如何闯荡大陆、遭奇遇，成为叱咤风云的至尊天帝。以前的仇人，现在，绝不会放过！梦中的遗憾，现在，一定要弥补！待到灵剑长啸之时，天地三界，我为至尊！
故事从一名高中生叙述而开始，五岛桐绘和她的男朋友斋藤秀一以及住在这个受诅咒的黑涡镇的人们，面对着一连串围绕在漩涡相关的诅咒和超自然事件当中，而这座小镇的秩序也即将失控。
凭借魄力和勇气，凡体少年萧云在顿悟系统的帮助下，参加神体大能争夺大帝资格的战斗。可是，百万年前的大帝为何认识他！？未来的他为何留下笔记！？顿悟系统的真正来历又是如何！？所有平行世界将面临巨大危机，唯一拯救者是被众神召唤而来的地球少年！
里斯提亚国偏僻乡村领地的下级贵族——奥恩斯坦家住着一对姐弟。 姐姐玛丽是一个非常喜欢接受父亲练习剑术的活泼女孩。弟弟席恩是个腼腆的男孩子，他非常喜欢呆在房间里看书。虽然两人性格完全相反，但在温柔的父母的守护下，和睦地生活着。 有一天，席恩问父亲“魔法”这个东西在这个世界上是否存在。但是，即使是作为贵族有一定教养的父亲，也不知道“魔法”这个词本身。更何况，席恩所说的“从火、水、风、光等元素各种各样的东西”的现象，在这个世界上是不可能存在的…… 从那一天开始，席恩就显得很失落。但是，有一天，在和姐姐玛丽一起去的湖里，他目睹了“宛如魔法般”的不可思议现象—— “现在放弃还为时过早。如果没有魔法，自己做就好了！” 席恩开始研究魔法，一边将周围的人卷入其中一边稳步前进。飞出的火焰，奔跑的闪电——一切都是为了使用前世所憧憬的“魔法”！
主人公林初本是身世显赫的富家之子，但其父母却突然无故失踪，家族公司也被其父亲的前助理所强占，就连他从小住到大的别墅也被突然出现的所谓债主所霸占，于是他只能暂时去到位于郊区的林家老宅中居住。然而，来到林家老宅的林初，却奇异地发现老宅院落中的一座盆景中突然传来神秘的人声，接着他意外进入到了盆景之中，发现了被封印于盆景内的仙山以及仙人——玄清祖师。玄清祖师发觉林初身上有激发封印的能力，于是决定收其为徒，传授其修炼之法，以帮助自己冲破封印。与此同时，玄清祖师为了报答林初，也答应教授其一些技能，以助其调查其父母失踪事件背后的真相。林初同意了天玄祖师的要求，自此踏上了修炼之路！
