天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。 但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技“军团战”之中。她化名“玛秋”参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。 同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS“高达”及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。 接着，世界迎向了新时代。
六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
嘉味田正一（田丸笃志 配音）是一个极为平凡的高中二年级男生，有着一本正经的外表，却常常会陷入脑洞大开的幻想之中。在填完志愿调查表后，正一忽然察觉到自己已经站在了人生的分叉路口前，对未来产生了无限的希冀和稍许的不安。 乐观开朗的班级偶像常木耀（佐仓绫音 配音）、正一的青梅竹马桃乃今日子（木村珠莉 配音）、态度强硬内心却十分温柔的桧山水羽（井泽诗织 配音）、柔弱内向缺乏自信的上崎真诗（三上枝织 配音）、身手矫健的足球健将宫前透（下地紫野 配音），在青春的最后时光里，正一会和这些性格迥异的女孩子们发生怎样的故事呢？
