公元397年，风景秀丽的张家界，以黑心虎为首的魔教放火烧山，荼毒生灵，欲抓森林之灵兽玉兽麒麟，妄图借喝麒麟的热血以增强内力，称霸武林。为了维护森林和平与安宁，虹猫的父亲联合蓝兔的母亲等七人，七剑合壁，最终大败黑心虎，但七剑也非伤即残。 五十年后，黑心虎带领魔教卷土重来。而唯一能阻止黑心虎的只有再次七剑合壁，但此时的七剑，除了虹猫父亲，其他六剑已分散隐居，去向不明。一场血战，虹猫父亲终因寡不敌众，英勇牺牲。少侠虹猫谨遵父亲遗命，肩负起拯救森林环境的重任，含愤下山去寻找其他六剑传人……
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
