卡修斯和无尽能源都被布莱克精灵夺走，罗杰船长下令找到布莱克，夺回无尽能源……
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
改编自春场葱的同名漫画，故事讲述13年前怪人大军入侵地球的故事。怪人与守护地球的战队组织龙神守望者正面交锋，虽然他们几乎每周都会发起战斗，然而，真相与表面所见并不相同。事实上，怪人在1年之内就被打败了，守望者们却强迫他们在许多崇拜龙神战队的市民面前打假赛，而厌倦了欺辱的怪人决定做出改变，潜入战队中从内部打倒他们。
