突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。 牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。
