Bean travels with Dagmar to her homeland, Maru, where she rescues an old friend and learns of a mysterious prophecy she's expected to fulfill.
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
5岁女孩莉萝在姐姐的帮助下收留了一只流浪狗，她给这只狗起名叫史迪仔，并希望史迪仔能够给自己的生活增添一份乐趣。但是莉萝万万没有想到的是，史迪仔并不是可怜的流浪狗，而是来自外星球的长着六支脚的危险分子，只是在流放中偷跑到地球上来的！为了在地球上隐藏身份，史迪仔只能“忍辱偷生”，把自己的两只脚藏起来，让自己看起来像是一只狗，在和莉萝相处的日子里，小女孩的善良单纯让她和史迪仔成了形影不离的好伙伴。
你是外星人派还是幽灵派？又或者两个都信？原本分属两派的小桃和厄卡伦各自有了超自然奇遇，不可思议的大冒险就此展开！
