真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
命运，它会让你出乎意料，让你开心，展现你的长处，或是摧毁你的自信心，揭露你的过错，让你质疑自己，命运是个混蛋，但我们其中少数的幸运儿能够掌控自己的命运，将其导向善良、公平、正义。 第三季，机械之声将继续寻找六件上古神器中剩下的两件，并与五色龙议会展开最终决战。他们能否打破命运束缚，拯救王国？
星期三 更1集
自从击退了艾尔莎等人的袭击，并在和大兔的战斗中与碧翠丝签订契约，从而解放了“圣域”后，已经过了一年。 爱蜜莉雅阵营为了王选团结一致，每天过着充实的日子。然而，一封由使者送来的信件结束了菜月昴的宁静生活。 这是一封致爱蜜莉雅的邀请函，发件人是王选候选人之一的安娜塔西亚，邀请前往卢格尼卡的五大城市之一——水门都市普利斯提拉。 昴等人接受了邀请，朝着普利斯提拉出发，而在那里等待着的是各种各样的再会。 其中包括意外的再会、没有意图的再会以及应将到来的再会。 在水面下，邪恶的意图潜伏，伴随着一场前所未有的危机逐渐逼近。 少年必须再次面对残酷的命运。
