真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
数百年前，一场突如其来的陨石群撞击，让整个世界崩塌成两片彼此共生又绝对隔离的大陆。为了拯救危在旦夕的人类文明，数百位以罗森博格为首的原大陆科学家，集诸国之力研发出一种新型能源供给装置（卡片）。主人公陈暮从一个弱小无助、贫苦无依的困顿少年，在经历了一连串充满挣扎与磨难的冒险之后，没有放弃与退缩，依然靠着善良包容的天性、自身的卓绝努力与周围亲朋好友的热情相助，最终突破重重障碍，成长为一个正义凛然、以德服人、能力出众的正面领袖的故事。
