在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
“为什么谁都不记得真正的世界呢……！” 本是争夺地上霸权的五种族大战以英雄希德率领的人类胜利告终的时代；但是这个世界，在少年凯眼前突然被「改写」了。在被改写的世界里，凯所看到的是，由于英雄希德不存在，人类在五种族大战中败北的情景——在这里，龙和恶魔统治着地面，并且凯成为了被所有人遗忘的存在。但是凯遇到神秘的少女铃娜后，决心打破这被改写的命运。 在没有英雄的世界里，继承英雄的剑和武艺，挑战君临的强大敌种族。被世界遗忘的少年「取回真正的世界」空想超大作，开幕！
