《上帝未死》讲述的是一位名叫乔什·惠顿的年轻人捍卫其对上帝的信仰的故事。乔什是一名大一新生，他的教授告诉学生们“上帝死了”，并要求学生们签署一份关于“上帝死了”的声明才能及格。而乔什拒绝签这份声明，并不得不接受证明“神活着”的挑战。
明朝未年，崇祯帝下诏书与太子，命太监王承恩侄子王之明（寻峰 饰）护驾太子（何威 饰）赴南京，希冀旧臣遗老将来保太子登基。一路上前有堵截，后有追兵，王之明无奈假冒太子被抓，换得太子逃生。清皇太后（王惠 饰）放出假太子引蛇出洞，结果真假太子双双被清兵擒获。清皇太后见大明朝气数已尽，伺机挑动其宫廷群臣分争，以期内部土崩瓦解。王之明在疤面人（孙根发 饰）协助下冒险救出太子，此时崇祯已自缢身亡，马士英（顾也鲁 饰）等官宦趁机私立皇帝建立南明朝，并派人接驾，实为暗杀太子。马士英采用嫁祸于人毒计，诬太子谋反，将其下狱。疤面人找到已北返的王之明，劝其带兵东征......
