《鲜花盛开的村庄》讲述川西平原 的柳荫村已经进入了小康，村主任 德兴叔的任期到了。在新主任的竞 选中，儿媳妇葵花姐几经周折，顺 利当选“女村官”。 作风泼辣的葵 花姐坚信“人有两瓣心，一瓣真心 对人，一瓣良心对己。”村官上任 后，整治环境卫生、发展豆瓣厂、 搞集约化蔬菜种植大棚，赢得了 大 家信任。但她始终无法解决分地的 问题，加之包金旺阳奉阴违，大学 生村官好心帮倒忙，葵花姐被逼下 台。补选的新村官包金旺不顾村委 会的反对，引进制革厂、爆竹厂， 但因污染和安全问题被工商局勒令 停工。被欠薪的民工们辗转找到包 金旺索要工资，危难之际，又是葵 花姐站出来，以村民自治的办法， 将包金旺的宅基地有偿转让，解决 了残局。包金旺主动辞职，葵花姐 再次挑起重任。
仁和医院高级精神科医生高立仁（方中信 饰）在婚礼前痛失为重案组探员的未婚妻莫敏儿（徐子珊 饰），随即陷入悲伤中不可自拔，甚至为此辞去工作。却不料就在此时，医院接收了一名声称被幻听所困更涉嫌强奸案的精神分裂患者。对此案不甚关心的高立仁路过案发现场，误打误撞帮助了博安医院法医精神科医生梁启荣（萧正楠 饰），并建立亦师亦友的关系。已经在外挂牌行医的连志森（蒋志光 饰）担心老友丧妻后萎靡不振的精神状态，多番劝说他重振旗鼓。高立仁也终于决定去博安医院任职。 在随后一次同学聚会中，夜总会发生命案，高立仁意外结识了警方卧底林颂恩（杨怡 饰）。而在工作过程中，也逐渐与顾问医生卓慧翘（蒙嘉慧 饰）成为朋友。与此同时，连志森与梁启荣也分别陷入了暧昧不清的情爱关系……
耿林（王志文 饰）和刘云（江珊 饰）是一对相守多年的夫妻，他们一个是卫生局副处长，一个是医生，宽裕的经济条件下生活很是平静。一次偶然中，耿林结识了名叫娄嘉仪（徐静蕾 饰）的妙龄女子，娄嘉仪的奔放和开朗吸引了人到中年的耿林的注意，随着时间的流逝，耿林发现一种异样的感情在心中逐渐生根发芽，而他和刘云之间的关系也因此而产生了裂缝。 娄嘉仪有一个若即若离的男友肖天海（王学兵 饰），两人分分合合，关系并不稳定。一场凶杀案的发生让耿林和刘云身陷其中，但也正是这一契机让两人重新找到了对彼此的依赖和信任，濒临破碎的家庭有了复合的希望。
