未来，人们对资源的需求越来越大，可是地球上的资源已经不能再满足人类。于是地球上爆发了资源危机，并险些引发战争。唯一能阻止战争的只有空间站上的粒子加速器，如果实验成功，粒子加速器成功运转，那么它就能让人们用上源源不断的资源。可是在一次粒子加速器意外事件后，地球整个消失了，空间站上的宇航员开始试图弄清楚在他们身上发生了什么。但随着事情的一点点深入，真相慢慢浮现，更奇怪的事情也随之出现。
故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
