《大自然的女王》以世界各地的母系氏族和女性领袖为主角，讲述了一个关于牺牲和坚韧的故事，同时也是一个关于友谊和爱的故事。这些女王并不总是和蔼可亲或温文尔雅，她们为了家庭的成功和安全不惜一切代价。在奥斯卡金像奖终身成就奖得主安吉拉·贝塞特铿锵有力的旁白引导下，《大自然的女王》首次以女性视角聚焦自然世界。制作历时四年，由来自世界各地的女性领导的制作团队掌镜。
垂拱四年，狄仁杰任江南巡抚使，在一次前往下辖的临安县视察过程中，遇到了一起乱案。老汉孟云德状告其姑爷李大有杀害自己的女儿孟香莲和儿子孟杨，而李大有则反告自己的岳父将孟香莲藏起来意欲再嫁他人。原来孟香莲和李大有在一次争吵中一气之下回了娘家。 而在孟香莲回娘家之后，李大有母亲一气之下便生了病，没办法李大有只能将孟香莲请回照看。李大有来到孟香莲家百般劝说，孟香莲答应回去，但天色已晚只能等到第二日由弟弟孟杨送回。李大有由于担心母亲，当夜便赶了回去。然而过了几日也没见孟香莲回来，李大有再去要人，却被岳父告知两人早就出发。两个大活人凭空消失，李大有便怀疑岳父将自己妻子藏匿起来想要另嫁他人，孟云德也怀疑李大有杀害自己妻子和儿子。临安县令周从善不知如何是好，只能求助狄仁杰。
清廷四品带刀侍卫马龙在官场失势，转而投到理藩院任职；背叛师父投靠敌人的王显落草为寇，无恶不作；吕四娘再度隐居避难。利欲熏心的马龙，为获得高官厚禄，不惜民族分裂疆士破碎，而效力于准噶尔部阿睦那撒亲王，参与其阴谋判乱，并受亲王派遗秘密护送联合东西蒙叛乱的“血密函”。乾隆皇帝有所觉察后，派重臣纳兰文德出京察访，却被王显一伙拦劫在山路上，幸得路过此地的吕四娘的阻止。不久，他们又在西瓜地里伏击了马龙一行，混战中，马龙抱着装有密函的宝匣只身逃走，并在当晚投宿到圆通寺。就在第二天清晨马龙准备离去时，被在此寺出家为僧的马师傅海空法师发现，为清理门户，海空法师与马龙展开一场恶斗。这时，仇英和吻妹及时赶来，他们打落马龙身上的宝匣，发现了密函。王显赶到，也被仇英和吻妹打得落荒而逃。马龙追上王显，要与他联手对付仇英和吻妹。受阿睦那撒亲王委派，暗中监视马龙的恶僧凌云子出现在马...
