在能源日渐枯竭的时代，发现可从锶合金矿石（ジャパニウム鉱石）中提取超级能源“光子力”，并以日本热海为光子力实验都市。觊觎光子力、企图征服世界的地狱博士，所属阿修罗、布洛肯军团及机械兽向光子力研究所发动进攻，兜甲儿驾着其祖父制造的超级机器人“魔神Z”挺身而战……。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
故事发生在一个科技十分发达的星球之上，宅博士（邓玉婷 配音）是一名杰出的机械师，一次偶然中，他激活了五个散落在星球各处的超人，之后，这些超人们成为了保护星球和平的正义使者。 活泼开朗，天真正直的开心超人（刘红韵 配音）、聪明大胆，温柔可靠的甜心超人（邓玉婷 配音）、天性爱美，实力强大的花心超人（严彦子 配音）、稀里糊涂，丢三落四的粗心超人（祖晴 配音）和沉默寡言，外冷内热的小心超人（刘红韵 配音），五个各具特色的小小超人所要面对的，是来自灰心星球的大大怪（高全胜 配音），面对如此强大的敌人和敌人们惹出来的一堆大大小小的麻烦，这五个小家伙真的没问题吗？
