真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
这是和数个怪异交织在一起的微不足道的友情和别离的故事。 返老还童的怪异“月读的变若水”，绝对不能读出声来的“异界之歌”， 来路不明的书不知不觉间排列在书架上“逆偷盗的本”， 神隐的实况记录报告“仙境异闻”···首都范围内的某个中心车站， 这个小镇究竟在发生著什么…… 残留在令和世上最后的迷宫， “现代怪异”的mystery 志愿成为不足为道的小说家， 绪川董子和搭档的童颜细目的魔少年化野莲发起了挑战! 追求的是超自然知识和体力的胜负。 在解开这个小镇涌现出的数个怪异的二人前方等待的是…
