很久很久以前，在原始的混沌之海中，从无边的黑暗中诞生了唯一一个纯真的意志。这个意志所产生的力量，让原本一片虛无的混沌之海发生变化。她如造物主般分出了无数世界，这些世界是由无数石柱一般长杖支撑在混沌之海上。她，是这世间万物的母亲。因此，有了神，有了魔，也有了人类。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战，魔为了争取长杖毀灭世界而战……by:m.yakubd.cc
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
