混杂于群众之中，以人类的肉为食。 拥有人类的形态， 却与人类不同的存在……“喰种”。 对“喰种”进行驱逐、研究的CCG， 为了达成某个命题， 而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。 并非“正经人类”的他们， 与佐佐木琲世一等搜查官一起 在“东京”面对的事物究竟是——！？ 描绘《东京食尸鬼√A》2年后的新章《东京食尸鬼:re》终于启动。
广濑夏子高中毕业后成为了一名原画师， 迅速展现出自己的才华，并很快以导演身份出道。 首次导演的作品成了社会现象般的大作，广受好评。 夏子被评价为新锐天才导演， 并决定下一部作品是以初恋为主题的剧场恋爱喜剧。 然而，从未体验过恋爱的夏子对初恋毫无概念， 因而无法创作分镜，电影制作也陷入僵局。 某天在绘制分镜时，夏子突然失去了意识，当她醒来时， 发现自己已经身处于小时候沉迷的动画电影《灭亡物语》的世界之中。
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
