突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
广濑夏子高中毕业后成为了一名原画师， 迅速展现出自己的才华，并很快以导演身份出道。 首次导演的作品成了社会现象般的大作，广受好评。 夏子被评价为新锐天才导演， 并决定下一部作品是以初恋为主题的剧场恋爱喜剧。 然而，从未体验过恋爱的夏子对初恋毫无概念， 因而无法创作分镜，电影制作也陷入僵局。 某天在绘制分镜时，夏子突然失去了意识，当她醒来时， 发现自己已经身处于小时候沉迷的动画电影《灭亡物语》的世界之中。
曾经的一国之君意外身亡，穿越到魔法世界却成为手无缚鸡之力的婴儿？好吧，在壮阔而神秘的世界从零开始！比修炼更重要的是，他要先学会如何自己上厕所…离开襁褓成为强者，失去了尊贵王冠的他，用利剑为自己加冕！
