同盟大军攻入神域结晶山，直面苏醒的神族之主“天”，各族善战的勇士轮番与天交手。在“天”强大的压迫感下，逆天而行回忆起先辈无数次失败的反抗战争，以及永恒之夜曾预言，他这次与神族交战的结果不再是必败，而是难料，因为这一次，同盟军中有一位特别的“命运之子”，他就是武庚。
故事从一名高中生叙述而开始，五岛桐绘和她的男朋友斋藤秀一以及住在这个受诅咒的黑涡镇的人们，面对着一连串围绕在漩涡相关的诅咒和超自然事件当中，而这座小镇的秩序也即将失控。
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
