宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有民间军事组织“神圣军事同盟”还在坚持抵抗。出于一个完全偶然的机会，少年胡索·艾文成为神圣军事同盟的驾驶员，被赋予了最新锐的机体，V高达……
家族败落，至亲受难，罗征从云端跌落成为一名卑微家奴，在各族抗争不断、神秘力量统治的世界，不甘堕落的罗征偶得神秘功法，炼自身为器，一道抗争的序幕，就此轰然拉开。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
