工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
命运，它会让你出乎意料，让你开心，展现你的长处，或是摧毁你的自信心，揭露你的过错，让你质疑自己，命运是个混蛋，但我们其中少数的幸运儿能够掌控自己的命运，将其导向善良、公平、正义。 第三季，机械之声将继续寻找六件上古神器中剩下的两件，并与五色龙议会展开最终决战。他们能否打破命运束缚，拯救王国？
